膽管跟腸道相連接，因此做膽管手術時可涉及腸道，且麻醉藥物用量較多，因此患者術後腸道功能恢復較慢，出現腹脹情況較為常見。

膽管癌手術分為三大類，上段稱之為肝門部膽管癌，手術需要切除肝臟；中間稱為中段膽管癌，切除以後需要跟腸道重新做吻合；膽總管下段腫瘤需要做膽囊切除術，切除範圍包括部分胃、十二指腸膽管下段、胰頭、胰管，再用腸道將所有臟器連接起來。