膽管細胞癌的症狀要分不同的部位，最常見的症狀是患者全身皮膚、黏膜發黃，即膽道阻塞。膽道被腫瘤佔據，從而引起肝功能的損傷、膽紅素增高。部分患者會有皮膚瘙癢等症狀，進而會引起局部的梗阻和疼痛，腹部症狀主要是噁心、嘔吐等，但最主要的症狀還是黃疸。

如果腫瘤進一步增大，壓迫十二指腸等部位，會引起梗阻的症狀。另外，如果腫瘤進一步發展，可能在腹腔裡播散，從而引起腹脹、腹水等一系列症狀。晚期的腸、胰腺、膽管細胞癌還會發生轉移，如轉移到骨、腦等不同的部位都會有相應的症狀，疼痛是最重要的症狀。