膽管癌手術要依據手術切除範圍，風險各有不同。肝內膽管癌普通切除可能面臨肝切除相關的一系列風險，例如術後出血、術後肝功能恢復代償功能不全、術後膽瘻、術後感染等。如果肝外膽管癌影響到胰十二指腸切除大手術時，術後併發症會更多。可能因為涉及到重建消化道例如重建胃腸吻合、重建胰腸吻合、重建膽腸吻合，這些所有消化道要重新吻合，術後併發症可能會造成吻合口瘻。

胰瘻是最危險的術後併發症，可能會引起腹腔化學性的腹膜炎，引起嚴重腹腔感染，導致術後最終手術失敗。因為重建消化道以後，消化道蠕動功能重新恢復需要時間，部分患者是所謂的消化道癱瘓，即胃癱造成進食以後食物動力性不足導致，可能需要長期營養支持以及配合針灸理療才能逐步恢復。所以手術風險較大，根據手術範圍各有不同。膽管癌手術是高風險而且未知係數極高，術後恢復可能較緩慢的手術，是肝膽外科風險較高的手術類型。