肝內膽管結石癌變的幾率很低，尤其末梢型肝內膽管結石，在1cm以內，沒有造成膽管擴張、反覆膽道感染、肝臟萎縮，此類患者終身不會癌變。

部分嚴重的、多發的肝內膽管結石，合併膽管狹窄、肝臟萎縮，尤其左外葉或右後葉萎縮，反覆膽道感染的患者，應引起警惕。如果肝內膽管結石反覆感染、肝臟萎縮，建議做腹腔鏡膽總管切開取石或開放的膽總管切開取石，切除萎縮的肝臟。檢查萎縮的肝臟，如果沒有癌變，即可治癒，如果發展為癌變，按惡性腫瘤處理。