如果肝內膽管結石比較嚴重，主要表現為結石阻塞膽管，造成肝功能異常，或者誘發急性膽管炎，甚至肝萎縮和肝內膽管癌。肝內膽管結石由於長期存在於膽管內，可以導致膽管阻塞，患者會出現明顯的肝功能異常，其典型症狀表現為皮膚鞏膜黃染、小便顏色加深、皮膚瘙癢等。在膽道梗阻的基礎上，可能還會有細菌感染，患者會出現寒戰、高熱等急性膽管炎的表現。

此外，患者還可能由於結石長期阻塞膽管，最終導致周圍肝組織萎縮，萎縮的肝組織不會對身體造成嚴重影響，但長時間可能與病變膽管激發癌變，導致非常嚴重的併發症，形成肝內膽管癌。因此，臨床上需定期複查肝內膽管結石，若影像檢查發現存在明顯的膽管擴張或肝萎縮，以及化驗提示存在肝功能異常、腫瘤標誌物升高時，均應積極認真面對，儘早治療。