肝內膽管結石的治療主要根據結石相關的症狀，受累膽管、相鄰肝臟是否出現器質性的病變或者併發症，來採取相應的藥物和外科手術治療，具體如下：

1、較小的肝內膽管結石不會出現明顯的臨床症狀，不引起膽道的梗阻，這種情況先通過定期檢查，必要時可以採取溶蝕的藥物來進行對症治療；

2、引起膽道梗阻，特別是已經合併有膽管明顯擴張、膽管炎症的結石，則需要通過外科手術進行膽管切開取石。受累的膽管如果侷限在某一個肝段或肝葉，特別是已經出現了相鄰肝臟的肝纖維化，甚至是肝硬化，則建議通過外科手術將受累的肝段，或肝葉連同膽管及肝內膽管結石一併切除；

3、部分肝內膽管結石瀰漫分佈在左右兩肝，這種情況可以進行肝臟移植或者是膽管擴大成形、膽腸吻合，儘量地將結石取淨，保證膽道的通暢引流。