肝內膽管結石的藥物治療，目前主要是針對肝內膽管結石，引起膽道感染時候的退熱、對症消炎、解痙止痛的處理，目前尚沒有確切的藥物，能夠針對肝內膽管結石進行消除治療，肝內膽管結石目前最主要的治療方法是依靠手術治療。

如果肝內膽管結石平時沒有症狀，暫時不需要服藥治療，肝內膽管結石沒有症狀的時候，就定期複查隨訪。如果合併膽道感染的症狀，再使用解痙、消炎對症的藥物來控制症狀。

一般如果肝內膽管結石反覆引起症狀，或者保守治療無效的情況，這種情況就要及時考慮手術治療，切除有結石的肝段，主要的目的是取淨結石、通暢引流、預防復發。

肝內膽管結石如果引起肝萎縮，更要手術治療，因為肝萎縮長期持續下去，可能導致膽管癌的發生，因此，針對這種情況一定要慎重對待，平時肝內膽管結石也要注意飲食調控，避免肝病膽管結石發作。