對於肝結石的危害情況需要根據患者具體情況進行分析。如果是單發肝內膽管結實，通常不會存在明顯症狀，通常通過體檢才能發現，這種情況下不需要進行過多特殊處理，只需要定期隨診觀察即可。但如果是多髮結石，或者結石發生在重要位置，如左、右肝管匯合處，或者位於左肝管或者一側葉或者段的匯合位置，導致一側肝臟肝段或者肝葉萎縮，需要積極處理。因為會引起肝臟膽管壁病變，反覆炎症修復可能會導致腫瘤的發生。

所以對於合併肝硬化，合併有肝臟萎縮，則一定要進行處理。另外如果肝內膽管結石是瀰漫性病變，合併有嚴重膽管炎，也需要積極處理。通常在進行抗炎時，需要積極想辦法將結石清除。總體原則是需要去除結石，通暢引流，儘量減少結石復發。如果結石持續存在、且數量增多，無法完全去除，最後進展到肝臟肝硬化狀態。這種情況較為危險，只有肝移植才能夠挽救已充滿結石的肝臟。而常規辦法，如取出結石，切除部分肝臟均不能使疾病得到緩解。