肝結石手術後可能復發，肝結石手術通常稱為肝內膽管結石手術，肝內膽管結石手術方式包括單純取結石，這種情況下複發率較高，因為導致結石形成的原因可能是肝內膽管先天性異常。所以如果是單純取出結石後，膽管結構異常沒有辦法改變，有可能在經過一段時間後再形成結石，為在臨床過程中常見的一種情況。

對於肝內膽管囊狀擴張的患者，通常沒有較好的辦法解決擴張和狹窄狀態，所以取完結石一段時間後會再次形成結石，甚至多髮結石。這種情況下唯一的辦法是在等肝功能進展到較差的狀態，結石進展到無法控制後進行肝移植。另外，對於曾經進行過外科手術，如膽腸吻合手術的患者肝內膽管結石取完後，儘管結石得到一定好轉，但是有可能反覆發生膽道感染，且膽道狹窄情況依然存在，會導致再次形成膽管結石。