顱底凹陷是比較常見的顱頸交界部病變。顱底凹陷的同時會合並小腦扁桃體下疝畸形。對於這類病變的處理，臨床上主要通過神經外科手術的方式。因為顱底凹陷造成後顱窩容積相對狹小，小腦扁桃體常常從枕骨大孔疝出，同時引起腦脊液循環梗阻，造成脊髓內空洞形成，使患者出現一系列神經功能障礙的症狀。

這時需要通過神經外科手術的方式，將枕骨大孔部位的一部分骨質進行切除，同時進行硬脊膜囊的擴大重建。必要時需要切除一部分下疝的小腦扁桃體，從而使患者的腦脊液循環恢復通暢，脊髓空洞得以緩解，改善相關的神經功能障礙症狀。對於顱底凹陷合併寰樞椎不穩定的患者，需要進行顱頸交界區的復位固定。通過復位固定的方式，改善顱頸交界區的不穩定，以及寰樞椎脫位、半脫位等狀況。才能夠有效的全方位緩解，顱頸交界區腦脊液循環障礙，改善腦幹和上頸髓的受壓症狀。