多數患者出現顱底凹陷症後，並不會危機生命，因此該疾病並不嚴重。顱底凹陷症是一種先天性的發育異常，多數患者沒有臨床症狀，或僅有較輕微的臨床表現，無需進行外科處理，隨訪觀察即可。

如果患者在臨床觀察的過程中，發現顱底凹陷引發比較嚴重的症狀，如分離性感覺障礙，包括肌肉萎縮、運動異常，此時需要進行手術矯正。術後患者也能夠獲得比較滿意的效果，通常不會影響患者的生命、生存質量，以及生存時間。因此，發生顱底凹陷症後患者無需過於擔心，此並非過於嚴重的疾病。