顱底凹陷症的診斷目前臨床上主要以X線為主。在放射科照X線的頭正側位、左側位片，測量標誌性結構即可診斷，如顱頸交界處的X線側位片，測兩個線，一個是麥氏線，還有一個是張伯倫線。

第二個一定要進行核磁檢查。因核磁除能診斷顱底陷入外，還能看到合併的畸形，如小腦扁桃體下疝，或其它先天畸形，有無脊髓空洞均可發現。所以臨床上進行X線照像、磁共振檢查就能診斷顱底凹陷。