顱底凹陷症一般是一種先天性疾病，會對患者的神經功能產生緩慢的進行性影響，當達到一定強度之後，患者的臨床症狀也可能會在短時間內出現明顯加重。對於顱底凹陷症的具體嚴重程度，需要根據患者的影像學檢查、臨床症狀，以及體徵的評估加以判斷。

大部分顱底凹陷症的患者如果能夠及時發現，及時明確病因，並通過神經外科手術的方式加以處理，大部分神經功能障礙能夠得到有效緩解和逐漸恢復，總體預後比較有保障。如果顱底凹陷症沒有得到及時診斷和正確處理，患者的神經功能障礙可能會進行性加重，從而引起廣泛的脊髓空洞，痛覺、溫度覺消失，肌肉萎縮，以及神經營養不良性的關節炎性疾病。嚴重患者還可能由於脊髓空洞累及範圍過於廣泛，而出現大小便失禁、截癱等嚴重後果，喪失生活自理能力。