膀胱輸尿管再植手術是最迅速、最成功的能夠糾正膀胱輸尿管反流的方法，目前手術的成功率高達95%-98%左右。五度反流手術後可能會變成二度，一度反流，患者經過抗生素治療一段時間，最後基本都能夠治癒。

目前大部分膀胱輸尿管反流的孩子並不需要手術，接受手術的患兒屬於一少部分，五度以上反流、重度反流、反覆泌尿系感染患兒，通過保守治療不能緩解，才接受手術治療。手術方式有膀胱內或者膀胱外手術，或者膀胱內和膀胱外結合手術，分為開放手術、腹腔鏡氣膀胱手術，甚至是機器人腹腔鏡手術。輸尿管再植手術包括黏膜下隧道、乳頭再植或者半乳頭再植。