小兒膀胱輸尿管反流手術預後較好，本病多數是因為孩子出現反覆的泌尿系感染，打針、吃藥等保守治療會長期靜脈、口服抗生素，而且用藥時間非常長，所以採取手術治療。手術一般會採取膀胱輸尿管再植手術，通過手術治療大部分孩子術後反流現象都會消失，至少變成輕度反流。

反流症狀控制後，孩子發燒或者泌尿系感染、尿裡白細胞增多的現象都會慢慢改善、緩解甚至消失。部分合並腎或者輸尿管積水患者，通過手術解決後擴張的輸尿管會慢慢減輕，腎盂積水也會逐漸減輕，甚至有一部分會恢復到正常情況。