肛瘻病人大部分是通過手術治療，少部分人需帶瘻生活。手術治療是根本性的治療方法，其對人體的危害具體如下：

1、對肛門括約肌功能的損害：肛瘻經過了肛門周圍的重要的組織結構，特別是肛門括約肌，手術對肛門、肛管排便功能有影響，如損害肛門括約肌功能，可導致肛門的控便能力下降，排便失禁；

2、疼痛；

3、遷移性的炎症反應：如炎症引流不徹底，不能更好地控制，可形成遷移性的炎症反應；

4、肛瘻的復發：其復發因素包括引流不通暢，瘻管的開放、切除不徹底或局部的感染源未徹底清除。