肛瘻術後最常見的併發症，是肛門功能失調。肛門功能失調，包括肛門狹窄和肛門失禁。肛門失禁往往都是由於肛瘻手術過程中，破壞內、外括約肌過多造成的。肛門失禁大概分為兩種類型：一種是暫時的；一種是永久的。

如果手術過程中，只是破壞內括約肌或者部分外括約肌，不會造成永久性肛門失禁，只是暫時性肛門失禁。這種情況通過鍛鍊肛門功能和術後創面癒合，一般兩週之後基本可以恢復到手術之前的水平，不用過於擔心。如果破壞過多的肛門外括約肌，有可能造成肛門永久失禁。這種情況即使鍛鍊肛門功能、即使術後創面生長癒合，對肛門功能還是會有影響。所以，建議一定要到正規醫院的肛腸科，由有經驗的肛腸科醫生實施肛瘻手術。