拉肚子對肛瘻有一定的影響，因為患者腹瀉時的大便為稀水樣，容易從肛瘻內口進入瘻管，而引發瘻管內出現感染，導致肛瘻急性發作或者出現局部腫痛、流膿的症狀。如果肛瘻外口已經閉合，會出現類似於肛周膿腫的症狀。

如果膿腫經原外口破潰流出，就會導致症狀緩解。但如果膿腫不經原外口破潰流出，而另開通道流出，就會將原來單純性肛瘻變成複雜性肛瘻，增加後期治療的難度，也會導致局部感染的範圍擴大，嚴重的會影響患者的肛門功能。