複雜性肛瘻可以治癒，複雜性肛瘻有一定的治癒率，在全國治癒率為70%-80%，但不是絕對的。因為肛瘻的複雜性，接診醫生的專業水平、術中探查情況，以及瘻管的分佈情況等因素的存在，術後存在一定的複發率。複雜性肛瘻、高位性肛瘻有復發的可能性。

肛瘻復發最直接的原因還是手術的問題。手術中正確找到肛瘻的感染灶，即原發灶，徹底處理就能達到根治。其次，手術後恢復期換藥，患者每天要按醫生的建議堅持換藥。手術假性癒合，即肛瘻沒有按預想的方向恢復，傷口一部分長快了，一部分長慢了，長快的地方就把長慢的地方掩蓋住，稱為假性癒合。假性癒合下面沒有完全長好，有可能會再次發作。