子宮內膜異位症最常見的好發部位是位於卵巢，同時還有宮骶韌帶、直腸子宮陷凹、子宮後壁下段及盆腔腹膜。當病灶位於卵巢時，通常可以見到大小不定的單發或者多發囊腫，位於一側或者雙側的卵巢，這種囊腫由於內部含有陳舊的血液，又恰恰似巧克力狀黏稠，故又稱為卵巢巧克力囊腫。由於在月經週期，囊腫內的反覆出血，易與盆腔周圍的組織發生一些炎性的反應及纖維化粘連，故而也是引起患者不孕的原因之一。

當病灶位於陰道後穹窿時，常常會出現性交痛、觸痛結節等各種臨床表現。同時該種疾病在部分情況下極少的發生於直腸、膀胱、闌尾，甚至肺部都有可能。