肛瘻臨床分為四類，包括低位肛瘻、高位肛瘻、簡單肛瘻、複雜肛瘻，結合後包括低位單純肛瘻、低位複雜肛瘻、高位單純肛瘻、高位複雜肛瘻。通常肛瘻穿過外括約肌的深部平面以上稱為高位肛瘻，如果在外括約肌深部平面以下是低位肛瘻。

肛瘻內口通常在齒狀線位置，齒狀線是肛管和直腸黏膜相結合處的一條鋸齒狀線，存在多種結構組成，包括肛柱、肛隱窩、肛門瓣。低位肛瘻通常只有一個外口，所處位置在外括約肌深部以下，對應內口一般在對應齒狀線加深的肛隱窩處。