肛瘻如果不能及時治療會使病情反覆發作，如果外口封閉炎症發生以後，可使炎症向肛周組織進一步擴散、進展、蔓延。肛瘻是感染性管道，如果不及時治療會使小病變大，嚴重時會出現流膿、肛周瘙癢、局部疼痛，長期肛瘻反覆炎症刺激存在惡變可能。因此肛瘻如果經久不治一般幾年以後出現惡變可能。

肛瘻是肛腸疾病中常見感染性疾病，本身是一種炎症性疾病，屬於良性病變，處理欠佳或不予處理會導致肛周膿腫反覆發作。瘻管反覆流膿，肛瘻反覆腫痛、流膿時間越久病情越複雜，後期手術時創傷較大。因此如果患有肛瘻症狀長期無法得到緩解，患者應該儘早到醫院就醫，諮詢專業醫生進行診治以免延誤病情。