肛瘻手術後的疼痛時間，與肛瘻的手術方式、本身的複雜程度、傷口局部感染程度等密切相關。由於肛瘻是慢性炎症性疾病，單純應用藥物較難將肛瘻治癒，多數需進行手術切除。具體恢復時間如下：

1、低位肛瘻：手術恢復時間大約需要10-14天。傳統手術方式是掛線療法，如果肛瘻相對簡單且為低位肛瘻，手術時間較短，一般恢復時間明顯小於高位肛瘻；

2、高位肛瘻：如位於齒狀線以上的肛瘻，其術後恢復時間會明顯延長，有時甚至需3-4周，局部疼痛等瘻管症狀才會逐漸好轉。