肛瘻手術不是僅處理壞死組織，手術需要清除部分陳舊的感染組織，清除可稱為刮除，不僅處理陳舊的炎性組織。肛瘻有2個口，即內口和外口，內口和外口之間是瘻管。肛瘻手術主要目的是找到內口後將瘻管打開，讓瘻管組織從底部向外生長，將瘻管完全封閉，此為肛瘻手術關鍵的步驟。

將壞死組織切除僅為肛瘻手術中的次要手術步驟，部分肛瘻沒有壞死組織，僅有炎性組織，把瘻管開放後不切除炎性組織，也能達到治癒目的。目前主流的2種手術中，其中一種為將瘻管切除，比如將肛瘻炎性組織完全切除。另一種是不切除肛瘻炎性組織，僅完全開放瘻管，以上2種手術的手術效果和術後複發率差異較小。