肛瘻手術不要求無菌，因創口本身屬於汙染性有菌創口，故每次換藥或者自行清洗時，不需要把肛瘻創口清洗到無任何分泌物，否則容易導致疼痛。肛瘻術後往往需要用清熱解毒的中藥坐浴，把肛瘻創口泡到藥水裡進行清洗、坐浴，每次20分鐘。術後第1周，高位肛瘻一天坐浴2-3次，輕度的肛瘻一天坐浴1次即可。

肛瘻術後坐浴能達到清洗傷口、清熱解毒、減少炎性分泌物刺激創口的作用，所以是肛瘻術後最重要、最好的護理方法。肛瘻手術創口與瘻管大小有關，小瘻管創口比較小，但大瘻管或者高位複雜性肛瘻創口非常大，分泌物非常多，尤其是在高位掛線的肛瘻，而且非常臭。總而言之，肛瘻術後創口沒必要擦得非常乾淨。