肛瘻基本無法自愈，只能手術治療。患者容易將肛瘻暫時性癒合誤認為自愈，實際上後續依然會反覆發作。患者不要抱有僥倖心理，肛瘻無法自愈，只能經過手術治療，且越早治療越好。如果是單純的低位肛瘻，反反覆覆發作、發炎，容易導致瘻管特別多，支管特別多，位置越來越高。開始可能只涉及小部分括約肌，後來所有括約肌環都會涉及，從而形成高位肛瘻，導致治療困難。

綜上所述，建議肛瘻患者在早期較輕、較初期時及早進行治療，因為高位複雜性肛瘻治療起來非常困難，而且術後對於肛門功能的損傷較大。