肛瘻術半年之內，尤其是3個月之內瘢痕較硬、彈性差，有針扎式疼痛或攣縮式疼痛，此時建議用軟化瘢痕的藥膏儘早軟化，減少瘢痕引起的疼痛。肛瘻治療原則為敞開整個瘻管，幫助裡邊壞死組織脫落，分泌出膿液，最後填充肉芽組織，待皮膚爬上瘻管才能徹底治癒。最終會形成瘢痕，但是瘢痕大小取決於瘻管的情況，具體如下：

1、高位肛瘻瘢痕較重，因為破壞的括約肌較多；

2、低位肛瘻瘢痕較輕；

3、複雜性肛瘻瘢痕因切開位置較多，故瘢痕較重；

4、單純性肛瘻瘢痕較少，但依然存在瘢痕。

瘢痕與正常組織不同，相對較硬，沒有正常組織的彈性。但隨著時間推移，一般瘢痕在3-6個月以後會與正常組織基本融合，性狀、彈性基本與正常組織接近，此時就不會引起各種不適。