肛瘻手術會有一些痛苦，但具體情況根據病情而定，而且肛瘻手術間的差距非常大。如果是低位、單純性肛瘻，治療起來非常簡單，痛苦比較小。如果是複雜、高位肛瘻，治療比較痛苦，創口比較大，因為瘻管涉及括約肌非常多，括約肌在進行掛線時會比較疼。現在採用虛實結合掛線療法，比傳統掛線方法簡單很多，痛苦較小，損傷較小，但是不會一點痛苦都沒有，因為瘻管高，要徹底敞開，掛線對肌肉是一種損傷，因此會有疼痛。一般痛苦期大概10天，10天后基本無太多痛苦，到20天時拆線，如果完全長好，可能需要1.5-2個月。如果是低位、表淺、單純肛瘻，2-3周可長好。

總之，不同肛瘻的差別很大，高位肛瘻在治療過程中有一定痛苦，但現在採取很多止痛措施，包括坐浴、輸止疼藥、口服止疼藥等，效果非常好，一般患者可以耐受。