肛瘻手術住院時長，需根據肛瘻大小、位置判斷。如果是小肛瘻、低位單純肛瘻，可能住3天即可。但如果是高位複雜性肛瘻，可能住院1周甚至2周。如果患者有條件、有床位，可能要住3周，因為確實需要時常關注創口生長情況，有時會有出血或肉芽增生等，需要及時處理。因此，一般高位複雜性肛瘻最少住院1周，每週要進行復查。低位肛瘻一般3天出院，複查一次即可。

如果是小肛瘻，手術比較簡單。如果是高位複雜性肛瘻，需要掛線，住院1-2周，3周拆線，拆線後每週要複查一次，完全長好可能要6-8周，治療週期比較長，因為支管多，位置高，在生長過程中需要時常進行關注、觀察，避免前功盡棄，再進行二次手術。