如果肛瘻過深，可能為了保護括約肌，可能會應用掛線的方法治療。絕大多數人都可以承受此時的疼痛，不過對工作會造成一定影響。

對於肛瘻而言，如果無法找到合適的方法進行處理情況就會變得複雜。肛瘻主要的問題是如果之前進行過不當的處理時，可能會出現複雜肛瘻。並且有很多時候可能還不完全是肛瘻，可能還合並存在囊腫或者腫瘤等。