中醫治療肛瘻有非常悠久歷史，例如明代出現中醫掛線療法目前已經成為國際上治療高位複雜性肛瘻一個標準方法。中醫治療肛瘻包括內治法、外治法兩類，臨床上一般以外治法為主，內治法多用於手術前後，內治法主要是指口服中藥治療，外治法是以手術為主，例如在肛瘻初期或急性發作期，即肛瘻手術前採用中藥口服，例如中藥如意金黃散外敷及中藥止痛如神湯坐浴，通過清熱解毒、消腫止痛可以緩解肛瘻症狀，控制肛瘻病情發展。

肛瘻手術時較常用中醫手術療法有掛線療法和切開療法，還有切開掛線療法相結合三種方法。低位肛瘻一般採用切開療法，將肛瘻瘻管全部切開，同時將瘻管周圍疤痕組織或纖維化組織進行適當修剪，從而達到引流通暢，創面才能逐漸癒合。手術成敗關鍵在於手術過程能否正確地找到內口，並且將內口切除或切開，否則創面無法癒合，即使暫時癒合時間一長可以復發，高位單純性肛瘻一般採用掛線療法，高位複雜性肛瘻一般採用切開和掛線相結合方法。肛瘻術後往往大便後中藥坐浴，肛門創面應用祛腐生肌中藥膏外敷，例如九華膏。目前中醫治療肛瘻已經成為肛瘻主要治療手段。