肛瘻處於肛門周圍，肛瘻和肛周膿腫為一種疾病的兩個不同階段，起始部位在肛門內部，相當於在肛門和直腸之間，通常位於齒線上、下部位，肛瘻的發生通常與排便有關。

70%左右的患者會由於大便次數較多而出現肛門腫脹，當膿腫被劃傷後髒物可由此進入。因此處血運較好，組織可快速修復，所以髒物會被封至皮下，導致髒物往外鼓脹。若患者的炎症未得到控制，肛周膿腫繼而發生破潰，此時應由外科醫生切開引流，形成外口。若外口遷延不愈或反覆破潰，則會形成肛瘻。