對於已經形成的比較完整的肛瘻，一般多數患者不會疼痛，可能會有索條樣物質，但多數患者不痛。可能通過外口會有分泌物，在膿腫期間會疼。比如外口封閉，局部形成膿包會引起劇烈疼痛，即感染性病灶，除疼痛之外還會局部有紅、腫。常用治療方式如下：

1、保守治療措施，可以通過抗菌素的應用，局部理療等促進膿液吸收，也可能減輕疼痛，但多半患者通過保守治療的效果不一定非常好；

2、多數疼痛、紅、腫患者應該做切開引流，把外面紅、腫部位打開，將膿放掉就可以很快得到緩解。

肛瘻和膿腫其實應該是一個疾病的兩個階段，比如急性期、紅腫期叫肛周膿腫，引流完以後慢性期形成隧道，稱為肛瘻。教科書寫的成瘻率即膿腫形成肛瘻的幾率，大概在50%-60%，但臨床發生率要高，膿腫患者大多數會轉化成肛瘻。所以膿腫和肛瘻其實是一個疾病的兩個階段，疼痛的患者做切開引流，給予抗生素等治療應該有效。