一般肛瘻不需要做全結腸鏡檢查，因為在外面可以摸得很清楚，但是時間較長、超過15年以上的肛瘻大概有3%-5%惡變率。

對於上述特殊肛瘻，可能腸鏡檢查也有必要，如肛瘻下取病檢是肛瘻最常用檢查。可以做肛周360°超聲檢查，分析竇道情況，部分患者可以做肛門鏡檢查或者乙狀結腸檢查。

複雜肛瘻一般建議做核磁，可以清楚地看到竇道分佈和周邊腸管的關係，竇道深度、長度以及竇道和肛管關係，對於手術非常有幫助。但複雜肛瘻治療應該是比較困難的過程，部分患者甚至於需要多次手術才可能得到治癒效果。

肛瘻患者除常規項目檢查之外，建議做肛周360°超聲；複雜肛瘻患者建議做肛周核磁甚至於竇道造影，上述檢查均是最常用檢查。