高位複雜性肛瘻是肛瘻中非常複雜的問題，我國常用手術方法是祖國醫學的切開掛線療法，也就是對於周圍組織中瘻道、膿腔進行徹底開放引流。對肛管內的內口和經過括約肌的部分瘻管實行掛線處理，通過肌肉瘻管進行掛線，可以通過線的緊縮和橡皮筋緊縮使肌肉逐步壞死，通過1-2周時間，掛線肌肉部分緩慢被切斷。隨著一部分肌肉粘連使肛門括約肌保持一定完整性，是保護肛門括約肌必要的措施，也是目前最好的辦法。

高位複雜性肛瘻手術內口部分較一般肛瘻位置高，而且複雜，而且瘻道也在肛提肌以上，位置比較高、複雜、隱蔽，做手術時都要徹底開放，手術順利完成，手術後最好了解術者怎麼進行換藥，因為高位複雜性肛瘻換藥時間很長，一般都要30-40天。另外，隨時可以發現隱蔽病灶，隨時進行處理，只有這樣才能把高位複雜性肛瘻順利在最短時間內完全治療好。