低位單純肛瘻的複發率比較複雜。首先低位單純肛瘻治療方法現在非常多，手術方法包括切開引流、切開掛線、竇道切除、瘻管剔除、真皮填塞修補等，不同方法複發率也不同。
最有效的治療方法是將竇道、瘻管切除，整個瘻管切除以後、感染原和感染灶全部清除以後傷口逐漸癒合，複發率非常低。而如果是採用其它所謂的微創、減少創面的方法，比如真皮填塞，現在還有肛瘻栓填塞，即將部分肛瘻竇道清理乾淨以後，將可以刺激肛門周圍的生長物填塞進去。上述情況相對屬於盲操作，即竇道不能完全打開，可能導致竇道探查並不是百分之百準確，複發率相對高一點，大部分統計在15%-20%之間。而完全竇道切除的複發率極低，可能在10%以下。