首先肛瘻會發生癌變。肛瘻即有炎性物質反覆對肛門、肛管進行炎性的刺激，長時間的刺激以後可能導致局部特殊變化，最後出現癌變。癌變時間目前報道最快的是12年，即12年肛瘻沒有進行治療，反覆刺激以後最後發現的癌變，也稱為肛瘻癌變。
還有一種情況是癌性肛瘻，因為癌引起來的肛瘻和上述問題不同。但是如果是單純炎性腸病或者普通肛瘻，6年時間發生癌變的情況目前還沒有報道。但是如果長期不進行治療，則有可能發生癌變。
所以建議患者出現肛瘻後不應再拖延，病史6年的患者應該儘快進行手術治療。