小兒肛門狹窄的治療，主要通過外科手術，即肛門成形術治療。患兒只要做簡單的後期成形即可。手術後護理較重要，包括手術後擴肛。患兒手術切開、縫合後創傷較大，部分家長不重視肛門狹窄擴肛，導致患兒術後疤痕再次形成狹窄，甚至比術前狹窄更為明顯。

因此手術結束後，需進行正規擴肛；如未進行擴肛處理，後續肛門狹窄環、疤痕環形成後處理，可引起患兒肛門功能不良，表現為排便功能異常、射精異常。