兒童腸道畸形多數可治癒，且可恢復與常人無異狀態。目前多采用微創手術方式治療。具體如下：

1、以消化道出血表現為主的美克爾憩室或腸重複畸形，如果及時發現病變，手術切除病變部位或局部腸管切除。切除後行腸吻合治療，患兒腸功能恢復後，預後較好；

2、少數消化道其它畸形，均可以通過手術干預，如通過微創達芬奇機器人，解決患兒疾病同時，避免外觀影響。