子宮內膜異位症的臨床特點是痛經、卵巢囊腫，如果造成宮腔粘連，可能有牽拉等不適症狀。如果伴有子宮腺肌症，痛經會更加明顯，臨床還有CA-125升高。但是子宮內膜異位症一部分患者可能會有不孕症狀。由於卵巢內環境差，容易造成宮腔粘連而引起不孕。

另外子宮內膜異位症，如果做手術容易復發。因為子宮內膜異位症主要根源在於內膜異位到其他部位，切除囊腫後內膜會隨著月經再次排出，引起疾病復發。同時子宮內膜異位症如果形成子宮內膜異位囊腫，或者盆腔病灶，會有惡變的幾率，如子宮內膜樣癌，尤其是容易變成透明細胞癌。