子宮內膜異位症手術治療的複發率高達40%，或者更高。在治療卵巢巧克力囊腫時如果患者還沒有生育，一般情況下選擇將囊腫剔除，儘量保留卵巢組織，而保留的卵巢組織有可能復發囊腫。

復發後如何處理取決於患者的需求，比如有無生育要求，在沒有臨床症狀的情況下，復發的卵巢巧克力囊腫不大、月經量也正常，則需要定期觀察，每3-6個月做一次B超，觀察異位病灶生長的速度。如果病灶長得很大，超過5cm，且患者存在臨床症狀，比如痛經或痛經越來越嚴重，嚴重影響到生活質量時，需要再一次干預或藥物或手術治療。