一般宮內膜異位症無法自愈。子宮內膜異位症一旦發生，對於育齡期女性，特別年輕女性容易進展，因雌激素長期作用、月經不斷來潮、子宮內膜剝脫，通常子宮內膜異位症會有進展。

在特殊情況下，妊娠期對子宮內膜異位症存在天然治療作用，部分女性在妊娠及分娩後，痛經較原來減輕，屬於假孕療法，對於較輕的子宮內膜異位症存在一定治療作用。但是子宮內膜異位症無法自愈，一旦發生基本呈進展狀態，可採用部分措施減緩進展，如藥物、針劑甚至手術治療。