子宮內膜異位症最常見部位是卵巢、子宮和宮骶韌帶，比較常見的部位有卵巢、子宮、宮骶韌帶、子宮壁、壁腹膜和髒腹膜。如果異位病灶位於卵巢，最常見子宮內膜異位囊腫，也就是巧克力囊腫，或異位病灶異位到宮骶韌帶上，在進行婦科檢查時，患者會有明顯觸痛感。

內膜異位病灶也可以發生遠端轉移，比較常見的遠端轉移有鼻腔。部分患者月經時可伴發鼻子週期性出血，此為內膜異位到鼻腔的原因。此外，比較常見的異位病灶也可異位到肺、膀胱、腎、輸卵管，極少數異位病灶會異位到腦部。