子宮內膜異位症會導致部分患者黃體功能不佳，從而導致流產機會增加，但通常情況下子宮內膜異位症患者保胎與正常女性類似。

而懷孕大多數能自然發育，除非之前有過自然流產病史的女性，在懷孕後需適當注意，也可給予患者輔助支持黃體功能治療。對於子宮內膜異位症而言，有時會考慮黃體功能不足的發生率相對於無子宮內膜異位症的女性較高，故黃體支持藥物的用量可能會稍大。