子宮內膜異位症複發率較高，因目前無根治子宮內膜異位症的辦法，手術無法達到根治，而藥物治療在停藥後往往很快復發，如口服避孕藥、長效GnRHa，停藥後出現月經，子宮內膜異位症也會慢慢復發。也有數據提示，手術後大約有50%的患者在5年內會復發，故子宮內膜異位症對女性而言，尤其是育齡期女性，是常見的治療較困難的疾病。

但子宮內膜異位症也可控制，目前提倡與疾病共存，即雖無法治癒，但可控制在對患者身體影響的最小範圍，尤其是準備生育的女性，可積極地促進生育，在懷孕過程中病情可得到控制。進行手術的女性需遵從醫囑，因子宮內膜異位症需長期管理，需在婦科醫生的指導下儘量減緩或減輕患者復發。