子宮內膜異位症常見臨床表現是痛經、慢性盆腔痛、月經異常和不孕症。子宮內膜異位症的痛經常發生在月經開始前1-2日並持續整個月經週期，發生部位是下腹深部、腰骶部，並向肛門、會陰、大腿放射。疼痛特點是開始可能無疼痛，隨著時間推移逐漸出現疼痛且加重，開始服用止痛藥可能有效，但隨著時間推移，可能止痛藥加量效果仍欠佳。

患者通常是由於異位病灶內部出血，刺激局部周圍組織炎性反應引起痛經，常與病灶大小不一致，也與月經週期不符，有時持續性疼痛，僅在月經期加重。可用藥物止疼，也可放置曼月樂，曼月樂分泌孕激素造成病灶萎縮，可緩解疼痛。