子宮內膜異位症根據發病的不同部位，症狀不同，如果長在卵巢上，稱為巧克力囊腫；如果在腹膜裡或在重要器官和植入點裡出現結節，稱為深部內膜異位症。深部內膜異位症，雖然結節很小，但有症狀還是要進行手術，如果卵巢囊腫長到4-5cm，則會引起不孕，也要手術。如果囊腫2-3cm，且沒有任何症狀，沒有生育要求，患者年齡在35歲以下，可用藥物進行處理。

不是所有囊腫都需處理，要因囊腫大小、性質、症狀以及要求、年齡，進行不同處理，即便做完手術後的巧克力囊腫，還要長期管理，並不是做完巧克力囊腫後就一勞永逸，巧克力囊腫容易復發。