子宮內膜異位症手術的治療只是減少子宮內膜病灶的方式，無法完全切淨或者治癒子宮內膜異位症。術後需要很多的輔助措施長期預防復發，包括藥物治療，其中一項是長效的GnRHa，需要28天打一針。根據患者子宮內膜異位症的分期不同會要求進行不同週期的治療，通常會在3-6個週期，手術後每隔28天要到醫院進行一次長效GnRHa的注射，最長的是半年。如果患者年齡＜40歲，可以長期口服避孕藥預防復發。複查的內容主要是卵巢的功能，還有盆腔的彩超，判斷子宮內膜異位症是否復發，一般在預防復發治療之後，即手術後三個月-半年內進行復查。