對於卵巢型的子宮內膜異位症，也就是卵巢巧克力囊腫，如果直徑＞4cm，存在手術指徵，這個時候可以考慮手術治療，但是在手術前還要評估卵巢的功能。特別是如果進行第二次手術，而且還沒有完成生育的婦女，應慎重選擇是否進行第二次手術。因為卵巢子宮內膜異位囊腫剔除手術，不可避免的會造成卵巢組織的丟失，再加上內異症本身對卵巢功能的破壞，以及手術以後卵巢創面的炎症反應等，都會造成這種術後卵巢儲備功能的降低。因此，不孕症患者腹腔鏡手術前應該全面的考慮手術對卵巢儲備功能的影響，避免盲目進行手術。

對於腹膜型的子宮內膜異位症，因為術前很難發現，通常是在不孕症的腹腔鏡探查手術當中發現，此時可於術中行異位病灶的切除或者是電灼術。所以對於子宮內膜異位症是否需要手術，要根據臨床的分型決定。卵巢型的要根據卵巢巧囊的大小，再根據患者的年齡，還有生育要求等綜合評估，因此無法一概而論。