正常的子宮內膜是生長在子宮腔內的，生長在子宮腔以外的部位統稱為子宮內膜異位症。臨床上最常見發生的部位是在卵巢，比如卵巢巧克力囊腫。發生子宮內膜異位症以後會引起病變，首先是對輸卵管的影響，患有子宮內膜異位症的患者會發生盆腔嚴重粘連。導致輸卵管和卵巢發生緻密粘連，影響輸卵管拾卵功能，從而影響精子和卵子相遇，導致不孕的發生。
發生子宮內膜異位症以後會分泌異常的因子，對於精子和卵子具有殺傷的作用，也會導致不孕的發生。子宮內膜異位症如果發生在卵巢上就是卵巢巧克力囊腫，會影響卵泡的正常發育，導致排卵障礙，也會引起不孕的發生。子宮內膜異位症會降低子宮內膜的容受性，子宮內膜容受性下降以後會影響胚胎的種植和發育，最後導致不孕的發生。